オニヨンとは、ピクミンを生み出していく母体のようなものです。ピクミンは、ある条件を満たすことで、このオニヨンから次々と生まれてきます。
オニヨンの下の光っているポイントでAボタンを押すことで、ピクミンを出したり戻したりすることができます（出てくるピクミンは【花】→【つぼみ】→【葉】の順番で呼び出されます）。
フィールドにすでにピクミンが100匹いる場合、新たなタネは外に出ず、オニヨンの中に蓄えられます。いちいち引き抜くのが面倒な場合などは、フィールドにピクミンを100匹出しておいてからペレットなどを運ぶと、時間を短縮できます。